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available_matrices = [ ' benner6 ' , ' benner22 ' , ' benner74 ' , ' blos ...
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benner6 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2.5, ( ' A ' , ' C ' ) : -1.7, ( ' A ' , ' P ' ) : 1.1, ...
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benner22 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2.5, ( ' A ' , ' C ' ) : -1.2, ( ' A ' , ' P ' ) : 0.8...
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benner74 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2.4, ( ' A ' , ' C ' ) : 0.3, ( ' A ' , ' P ' ) : 0.4, ...
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blosum100 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -3, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ...
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blosum30 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : 0, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' , ...
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blosum35 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -1, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' ...
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blosum40 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -1, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' ...
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blosum45 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -1, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum50 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' ...
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blosum55 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' ...
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blosum60 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum62 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum65 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum70 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum75 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum80 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum85 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum90 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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blosum95 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -3, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' ...
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feng = { ( ' A ' , ' A ' ) : 6, ( ' A ' , ' C ' ) : 2, ( ' A ' , ' P ' ) : 5, ( ' A ' , ' S ' ...
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fitch = { ( ' A ' , ' A ' ) : 3, ( ' C ' , ' A ' ) : 1, ( ' C ' , ' C ' ) : 3, ( ' E ' , ' A ...
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genetic = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4.0, ( ' A ' , ' C ' ) : -1.9, ( ' A ' , ' P ' ) : 0.8, ...
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gonnet = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2.4, ( ' A ' , ' C ' ) : 0.5, ( ' A ' , ' P ' ) : 0.3, ( ...
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grant = { ( ' A ' , ' A ' ) : 215, ( ' A ' , ' C ' ) : 61, ( ' A ' , ' E ' ) : 130, ( ' A ...
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ident = { ( ' A ' , ' A ' ) : 6, ( ' A ' , ' C ' ) : -1, ( ' A ' , ' P ' ) : -1, ( ' A ' , ...
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johnson = { ( ' A ' , ' A ' ) : 6.0, ( ' C ' , ' A ' ) : -3.4, ( ' C ' , ' C ' ) : 16.1...
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levin = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2, ( ' A ' , ' D ' ) : 0, ( ' A ' , ' E ' ) : 1, ( ' A ' , ' G ...
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mclach = { ( ' A ' , ' A ' ) : 8, ( ' A ' , ' F ' ) : 1, ( ' A ' , ' G ' ) : 3, ( ' A ' , ' ...
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miyata = { ( ' A ' , ' A ' ) : 1.25, ( ' A ' , ' C ' ) : -0.14, ( ' A ' , ' P ' ) : 1.1...
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nwsgappep = { ( ' A ' , ' A ' ) : 1.5, ( ' B ' , ' A ' ) : 0.2, ( ' B ' , ' B ' ) : 1.1...
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pam120 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 3, ( ' B ' , ' A ' ) : 0, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' , ' ...
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pam180 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 3, ( ' B ' , ' A ' ) : 0, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' , ' ...
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pam250 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2, ( ' B ' , ' A ' ) : 0, ( ' B ' , ' B ' ) : 3, ( ' B ' , ' ...
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pam30 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 6, ( ' B ' , ' A ' ) : -3, ( ' B ' , ' B ' ) : 6, ( ' B ' , ' ...
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pam300 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2, ( ' B ' , ' A ' ) : 0, ( ' B ' , ' B ' ) : 3, ( ' B ' , ' ...
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pam60 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 5, ( ' B ' , ' A ' ) : -2, ( ' B ' , ' B ' ) : 5, ( ' B ' , ' ...
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pam90 = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' B ' , ' A ' ) : -1, ( ' B ' , ' B ' ) : 4, ( ' B ' , ' ...
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rao = { ( ' A ' , ' A ' ) : 16, ( ' C ' , ' A ' ) : 11, ( ' C ' , ' C ' ) : 16, ( ' D ' , ' ...
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risler = { ( ' A ' , ' A ' ) : 2.2, ( ' C ' , ' A ' ) : -1.5, ( ' C ' , ' C ' ) : 2.2, ...
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structure = { ( ' A ' , ' A ' ) : 4, ( ' A ' , ' C ' ) : -2, ( ' A ' , ' P ' ) : -1, ( ' ...
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